حضرت امام خمینی(ره) ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ در حکمی آیت‌الله خامنه‌ای را بعنوان نماینده‌ی خود در شورای عالی دفاع منصوب کردند. ایشان علاوه بر نماینده حضرت امام و مشاور ایشان، ضمن مشارکت فعال در مباحث و تصمیمات شورای عالی دفاع، معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره‌ی مباحث و تصمیمات شورا، به عنوان سخنگوی شورا، در مصاحبه‌های رسانه‌ای، آخرین تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رساندند.